AutoDock + jMetal

El docking molecular es un método para el diseño de fármacos que intenta predecir la posición y orientación de una molécula pequeña (ligando) en relación a una proteina (receptor) para producir un complejo estable. La meta de las técnicas de docking molecular es encontrar estadis con una energía de unión mínima. Una de los paquetes software más usado para este fin es AutoDock, que incorpora tres técnicas metaheurísticas para este proposito. Nosotros proponemos la integración de AutoDock con jMetalCpp, un framework de optimización que proporciona algoritmos mono y multi objetivo que pueden ser usados para resolver eficientemente problemas de docking. La combinación resultante de AutoDock + jMetalCpp perimite a los usuarios del primero facilmente usar las metaheurísticas del segundo. De esta manera, los usuarios biólogos tienen a su disposición un conjunto de técnicas metaheurísticas más rico que el proporcionado por AutoDock. Además, los diseñadores de técnicas metaheurísticas pueden usar el docking molecular como casos de estudio, lo que puede llevar a algorimos más eficientes orientados a resolver los problemas objetivo.